PerbedaanInnova bensin dan diesel yang paling umum adalah peminatan pelanggan, di mana Kijang Innova tipe diesel lebih diminati di Jabodetabek mengingat tersedianya bahan bakar jenis solar, sementara untuk tipe bensin lebih diminati di luar kota karena pasokan solar yang cenderung sulit ditemui.
Sedangkanversi diesel D4D atau Direct Four Stroke Turbo Commonrail Injection 2.500 cc hanya tersedia pada varian E, G, dan V. Megenai pilihan tranmisi otomatis hanya tersedia pada tipe G dan V. Untuk tipe E pada sisi interior sudah menggunakan lapisan jok fabric yang kemudian dilengkapi dengan empat speaker.InnovaE dilengkapi dengan sistem audio 4 speaker. Sementara itu, Innova tipe G sudah dilengkapi dengan sistem audio 6 speaker. Sistem audio yang dimiliki oleh Innova G juga jauh lebih canggih jika dibandingkan Innova E. Pada Innova tipe E, sistem audio sudah dilengkapi tape cassette serta radio AM/FM. .